Para mantener la unidad pedagógica, cultural y científica de las Universidades Nacionales, funcionará un Consejo Nacional de Universidades que estará constituido por un delegado de los profesores y un delegado de los estudiantes de cada universidad, elegido por votación directa y secreta en los sectores respectivos; por los Rectores de las Universidades y por el Ministro de Educación, quien lo preside.

En su primera sesión inaugural el 27 de julio de 1947, presidida por el Ministro de Educación, Presidente del CNU, Dr. Luis Beltrán Prieto Figueroa, al referirse a la finalidad del Consejo sobre el interés que resultase del trabajo a realizar por este organismo, en su primera sesión, se propuso la designación de un Secretario Permanente radicado en Caracas, con derecho a voz.

A través del funcionamiento del CNU, de manera sucesiva, fue reformulado el Estatuto Orgánico del Cuerpo introduciéndose modificaciones en los años 1953, 1958 y en el año 1970, cuando se amplía la estructura del organismo al incorporar en la reglamentación a la Oficina de Planificación del Sector Universitario (OPSU).

El CNU cuenta con la asesoría técnica del Secretariado Permanente, Consejo Consultivo Nacional de Postgrado y de la Oficina de Planificación del Sector Universitario, las cuales están enlazadas con el resto de los organismos de planificación educativa.

El CNU está integrado por:

• Ministro de Educación Superior quien lo preside.

• Rectores de las Universidades Nacionales Autónomas.

• Rectores de las Universidades Nacionales Experimentales.

• Rectores de las Universidades Privadas.

• Tres (3) Representantes Profesorales, uno por cada tipo de Universidad (con suplentes).

• Tres (3) representantes Estudiantiles.

• Dos (2) Representantes de la Asamblea Nacional.

• Un (1) Representante del Ministerio de Finanzas (solo con derecho a voz).

• Un (1) Representante del Ministerio de Ciencia y Tecnología (FONACIT).

• Secretaria (o) Permanente (solo con derecho a voz).

• Director (a) de la OPSU (solo con derecho a voz).